Rebélia južného Sudánu sa zrodila v júli 1955, ešte pred vyhlásením samostatnosti krajiny 1 januára 1956.

Vojaci práporu v kasárniach mesta Torit sa vzbúrili proti dôstojníckemu zboru. Vyjadril tak odmietnutie animistických a kresťanských obyvateľov Juhu odovzdať kľúče krajiny spojencom kolonizátora, severským elitám, ktoré chceli celému Sudánu nanútiť výhradne arabsko-moslimskú identitu.

Vojna spustená pod zástavou hnutia Anyanya (« hadí jed ») trvala až do roku 1972. V kontexte studenej vojny a izraelsko-arabského konfliktu hnutie podporili cirkve, Etiópia a Tel Aviv. Južanské volanie po nezávislosti bolo chápané ako znázornenie rozkolu medzi Východom a Západom, medzi arabským svetom a čiernou Afrikou, medzi kresťanstvom a islámom. A to aj napriek tomu, že od začiatku XX storočia katolíckymi a protestanskými misiami čerstvo konvertovaní kresťania predstavovali len 20% obyvateľov Juhu, oproti väčšine vyznavačov tradičných náboženstiev a 5% moslimskej menšiny. V predstavách zahraničných zástancov mala nezávislosť Južného Sudánu buď zablokovať islamizáciu čiernej Afriky, alebo prispieť k obkľúčeniu arabského sveta, špecificky Násirovho Egypta, zástancu hnutia nezúčastnených krajín a podporovateľa palestínskeho odboja. Taktiež mala pomôcť držať Sovietsky zväz na dištanc od celého kontinentu a britských kolónií východnej Afriky, ktoré nezávislosť dosiahli na začiatku rokov 1960.

Ciele rôznorodého hnutia Anyanya bez silného politického vedenia však v skutočnosti nemali jednoznačnú podporu. Juh Sudánu s rozlohou 650000 km2 tvoria regióny, ktoré sa líšia svojou viazanosťou na sever Sudánu respektíve na východnú Afriku. Môžeme rozlíšiť :  « Juh Juhu », Ekvatória, pozdĺž hraníc, medzi Stredoafrickou republikou a Etiópiou. Túto zónu, v ktorej prevažujú tropické pralesy a zalesnená savana, obývajú väčšinou drobní poľnohospodári. Zahŕňa aj početnejšie národy ako Zandé (približne 2 milióny ľudí), na rozhraní Konžskej demokratickej republiky, a kočovných obyvateľov živiacich sa chovom dobytka v tých najsuchších regiónoch, ako Toposovia na východe. Kolonizátor spravoval predovšetkým stred tohto regiónu : podporoval v ňom misijnú činnosť, školstvo a kontakty s britskými kolóniami v Keni a Ugande. Kádre hnutia Anyanya pochádzájú z týchto elít vyformovných kolonizáciou. Na východnú Afriku sa orientujú najmä preto, že britská politika tzv. « closed districts » až do roku 1947 zakázala akýkoľvek pohyb medzi severom a juhom Sudánu. Londýn tak chcel zabrániť arabizácii a islamizácii juhu obchodníkmi a kazateľmi zo severu[i] ; severnejšie, Biely Níl a jeho prítoky odvádzaju vodu z regiónov Vyšného Nílu a Bahr el-Ghazal, okolo močaristej kotliny Vyšného Nílu. Od XIX storočia rozvíjajú vzťahy s Chartúmom, založenom v roku 1824 na sútoku Modrého a Bieleho Nílu. Egyptskí dobyvatelia sa proti prúdu rieky a cez plávajúce hrádze (tzv. sudd) v roku 1840 dostali až do Gondokoro, a celý región otvorili pre obchod z otrokmi, ktorý organizovali otomanské a európske obchodné domy. Na západe, v savanách Bahr el-Ghazal, naplno prebiehal lov na otrokov až do rokov 1870, zásobujúc egyptské a istanbulské trhy. Rovnako ako okolo ďalších rodiacich sa mestských centier, aj v hlavnom meste regiónu Wau sa vtedy sústreďovalo obyvateľstvo miešancov, otrokov, prepustencov, vojakov, medzi ktorými sa presadzovali arabština a islam. Táto časť sa stále viac integrovala do ekonomického a kultúrneho priestoru Severného Sudánu. Po britskom intermezzu tento vzťah posilnila železničná dráha, ktorá v roku 1960 spojila Wau s Chartúmom.

Juh je teda rôznorodý : vo svojom vzťahu k Severu, k dejinám a k hospodárstvu, ani nie tak kvôli kultúrnym afinitám, ako skôr v dôsledku geografie. To do značnej miery vysvetľuje prečo mier vyjednaný v roku 1972 v Adis Abebe vyústil do širokej autonómie Juhu, zatiaľ čo Sever si ponechal zvrchovanú moc.

Počiatočné nadšenie z autonómie, s parlamentom a exekutívou v Jube, rýchlo opadlo, keď Chartúm začal uplatňovať zásadu « rozdeľuj a panuj ». Počnúc rokom 1977 mnoho opatrení negovalo ústupky Južanom : rozdelenie Juhu na tri regióny (Ekvatória, Bahr el-Ghazal a Vyšný Níl), boj proti « dinkakracii », keď boli všetci úradníci z kmeňa Dinka vyhnaní z regiónov, z ktorých depochádzali, odmietnutie podeliť sa s Juhom o budúce príjmy z ropy, atď.

Keď sa v máji roku 1983 plukovník John Garang (bývalý stúpenec Anyanya, ktorý bol prijatý do armády) postavil na čelo novej rebélie, zakladajúci manifest jeho Hnutia za Oslobodenie Sudánskeho Ľudu (SPLM) neobsahoval odštiepenecké nároky[ii]. Požadoval rovnosť všetkých Sudáncov, bez ohľadu na vierovyznanie či etnický pôvod, v rámci jednotného štátu. Išlo mu o nové sudánske zriadenie pod názvom « New Sudan » (Nový Sudán), ktoré malo osloviť všetky marginalizované národy v krajine, na severe ako aj na juhu, a všetkých jednotlivcov, ktorí odmietali politickú, ekonomickú a spoločensko-kultúrnu hegemóniu arabizovaných a islamizovaných kmeňov z údolia Nílu. Na juhu sa s ním stotožnili skôr veľké kmene Vyšného Nílu a Bahr el-Ghazalu – Dinkovia, Nueri a Šilukovia, ako malé kmene Ekvatórie, ktoré spustili prvú oslobodzovaciu vojnu.

Posolstvo Nového Sudánu zaniklo s Garangovou smrťou v leteckej nehode v auguste roku 2005. Pričom jeho viera v jednotný Sudán, ktorá v súčasnosti už nemá na Juhu najmenšiu odozvu, vtedy vyvolala veľké nádeje v marginalizovaných regiónoch Severu a v mestských centrách, kde sa obyvateľstvo rýchlejšie premiešavalo pod vplyvom vojen a ropného boomu.

V budúcnosti teda možno očakávať napätie v troch zónach s osobitým štatútom, na rozhraní medzi Severom a Juhom : Modrý Níl, dištrikt Abyei a pohorie Nuba. Ich obyvateľstvo je zmiešané a autochtónne skupiny sa od polovice rokov 1980 postavili na stranu SPLM, aj za cenu obrovských obetí. Bezprostredná blízkosť odštiepenia Juhu naliehavo kladie otázku ich ďalšieho osudu na Severe.